বীজবিধিমালা, ১৯৯৮ এর ৬নং বিধিমোতাবেক বীজ প্রত্যয়ন এজেন্সীর কার্যাবলী সুনির্দিষ্টভাবে উল্লেখ করা আছে । এগুলো হচ্ছে:

ক) যে কোন ঘোষিত  জাত ওপ্রজাতির বীজ প্রত্যয়ন;

খ) নিবন্ধিত অন্যান্য জাতের বীজ প্রত্যয়ন;

গ) বীজ প্রত্যয়নের উদ্দেশ্য উৎপাদন, প্রক্রিয়াজাতকরণ সংরক্ষণ ও লেবেলিং এর পদ্ধতি নির্ধারণ এবং চুড়ান্তভাবে ভাবে অনুমোদিত বীজের জাত সঠিক কিনা এবং এই বিধিমালার অধীন প্রত্যায়নের জন্য উহাতে অংকুরোদগমের হার, বিশুদ্ধতার হার আদ্রতার পরিমান ও বীজের মানের এরূপ অন্যান্য বৈশিষ্ট আছে কিনা, তাহা নিশ্চিতকরা;

ঘ) কোন জাতের বা প্রজাতির বীজ প্রত্যয়নের জন্য আবেদনপত্র প্রাপ্তির পর বপনকৃত বীজের উৎস বীজ প্রত্যায়ন এজেন্সি কতৃক প্রমানকৃত হইয়াছিল কিনা, এই বিধিমালা অনুসারে বীজ ক্রয়ের রেকর্ড আছে কিনা এবং ফি পরিশোধ হইয়াছে কিনা তাহা যাচাই করা;

ঙ)স্বতন্ত্রীকরণ (Isolation) , বিজাতবাচাই (Roughing) , যদি প্রয়োজন হয়, এবং সংশ্লিষ্ট জাতের বা প্রজাতির সুনির্দিষ্ট অন্যান্য বিষয়াদির (Factors)ন্যূনতম মান সর্বদা বজায় রাখাসহ বীজ মাঠে প্রত্যায়নের জন্য নির্ধারিত গ্রহনীয় মাত্রার অতিরিক্ত বীজ বাহিত রোগের উপস্থিতি যাহাতে না থাকে তাহা নিশ্চিত করিতে মাঠ পরিদর্শন করা;

চ)অন্য জাতের বা প্রজাতির বীজের মিশ্রণটিতেছে কিনা তাহা দেখিতে বীজ প্রক্রিয়াজাতকরণকেন্দ্র পরিদর্শন করা;

ছ)মাঠপরিদর্শন,বীজ প্রক্রিয়াজাতকরণ কেন্দ্র পরিদর্শন, নমুনা বিশ্লেষণ এবং চিহ্নিতকরণ,লেবেলিং, সিলিংসহ প্রত্যয়নপত্র প্রদান সুচারূভাবে সম্পন্ন হইতেছে কিনা তাহা নিশ্চিতকরা;

জ)বীজ ব্যবসায়ী কতৃক বাজারজাতকৃত বীজের ধারকের সহিত সংযুক্ত লেবেলে বর্ণিত বীজের মান উহাতে বিধৃতরূপে সঠিক আছে কিনা উহা বাজারজাত পরবর্তী নমুনা পরীক্ষা পদ্ধতি দ্বারা তদারকি করা এবং মান সম্পর্কে সচেতনতা সৃষ্টির উদ্দেশ্য উহার ফলাফল বীজ ব্যবসায়ীয়ণকে অবগত করা;

ঝ)ডিইউএস (DUS: Distinctness, Uniformity and Stability) পরীক্ষার অংশ হিসাবে জাতের চরিত্রগত বৈশিষ্ট ও গুনাবলীর কর্মকান্ড(Varietal description activities) পরিচালনা করা এবং সেই সকল জাতের কার্যকারীতা পরীক্ষার(VCU: Value for Cultivation and Use) জন্য সমন্বয় সাধন এবং বিভিন্ন স্থানে   পরীক্ষণের ব্যবস্থা করা;

ঞ)বিভিন্ন ফসলের বীজের গুনের ন্যূনতম মান,সময় সময়পুনর্বিবেচনা ও অনুমোদনের জন্য সুপারিশকরা;

ট)প্রত্যায়িত বীজের উৎপাদনে উৎসাহসৃষ্টির লক্ষ্যে বীজব্যবসায়ী ও প্রত্যায়িত বীজের তালিকা প্রকাশসহ শিক্ষামূলক কর্মসূচী পরিচালনা  করা;

ঠ)প্রত্যায়িত বীজের উৎপাদনের জন্য যে বীজ বপণ করা হইয়াছে উহা এই বিধিমালার অধীন বপণযোগ্য ছিল কিনা যাচাই করিতে প্রয়োজনীয় তথ্য সংরক্ষণ করা;

ড)রোগওকীট-পতগেও দ্বারা সহজে আক্রান্ত হওয়ার প্রবণতা ও কার্যকারীতা(Poor Performance) এর জন্য বোর্ডকে জাত প্রত্যাহারের পরামর্শ প্রদান।